Bacpedia
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Bacpediaは微生物由来タンパク質の結晶構造解析実験データベースです。


 タンパク質の結晶構造を得るためには、遺伝子からの目的タンパク質の発現、発現タンパク質の精製、精製タンパク質の結晶化、タンパク質結晶のX線回折データ収集、回折データに基づく計算による構造決定という一連の作業が必要で、各段階から膨大な実験データが発生します。これらの情報は新たな構造解析技術の開発に役立つのみならず、例えば、発現タンパク質の精製方法等は機能解析等を行う生命科学の研究者にとって幅広い有益な情報になる可能性を秘めています。そこでタンパク質結晶構造解析研究グループと放射光システム生物学研究グループでは、微生物由来タンパク質の結晶構造解析実験データについて収集・整理・公開を進めています。収集・整理を実施したデータは横浜研究所の生命情報基盤研究部門で構築されているセマンティックWeb公開基盤を通じて再利用可能な形で公開します。

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統合データベースプロジェクトに対する取り組み

理研播磨研究所で収集・体系化したデータは理研横浜研究所の生命情報基盤研究部門で構築されているセマンティックWeb公開基盤に提供します。公開基盤は各データベースをつなぐHUB的な役割を持ちます。提供したデータは生命情報基盤研究部門においてセマンティックWeb技術等のデータ統合化技術を用いて他の関連するデータベースの情報と統合されます。また公開基盤上で横断検索や共通の形式でのダウンロード等が行うことが可能です。

ダウンロードと検索

(ダウンロード)
omixml形式で提供したデータは基盤上で様々な形式に変換され、基盤が提供するライセンス形態に従いダウンロードする事が可能です。
(検索)
基盤上では横断的な検索をすることが可能です。

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制作

微生物由来タンパク質の結晶構造解析実験データベースの収集・整理・公開は播磨研究所のタンパク質結晶構造解析研究グループ放射光システム生物学研究グループ で共同して行いました。またデータの統合化・ダウンロード対応・横断検索等は理研横浜研究所の生命情報基盤研究部門のセマンティックWeb公開基盤を用いています。

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